テーマを作成するために一番初めにすることはcustom.cssを
使えるようにすることです。
方法は、

style.cssの該当部分を有効にし、_custom.cssをcustom.cssに
名前を変えるだけなのですがよく質問が来るのでFlachで解説してみました。
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１１月１３日追記
ProfessionalCSS1.0.0のバージョンよりこの手順は必要ありません。