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まだ理解し切れてないがかなり重要

plugin_getheadercode_<プラグイン名>と言うテンプレート変数があり
これを使うとhead要素内で使えるものであれば色々読み込める。

と言うことで

プラグインなどに指定すればオリジナルのCSSデザインに出来る。
Phizeさんのコメント
「CSSファイルそのものはご自分で用意する必要がありますが、
同様にfunction.incにplugin_getheadercode_<プラグイン名>という名前の関数を追加することで、他のプラグインでも専用のCSSを使えると思います。

plugin_getheadercode_<プラグイン名>関数が返す(return ～)内容は「header.thtml」のhead要素内に出力されるので、head要素内で使えるものであればCSSファイルへのリンク以外にも色々使えるみたいです(たとえば、外部JavaScriptファイルへのリンク等)。」
（出典GeeklogJapan掲示板２階層メニューのCSSの位置換えについて。）

このテンプレート変数でもしかしたらやりたかったことがかなり
出来るかもしれない、しかし・・・・
やりたかった事をするのにかなり時間がかかるかもしれない
ともかく、Phizeさんに感謝。

参考リンク
GeeklogJapan掲示板２階層メニューのCSSの位置換えについて。
Misc. Functions - GeeklogJpWiki