GLTMatrixは、オープンソースCMSの初心者向けテーマ作成方法と無料素材配布をしています。

GeeklogJapanに「テーマの移植チュートリアル」が公開されてます。

内容はGL LabsでEric Warrenさんが投稿していたテーマファイルを
Geeklog用に移植するチュートリアルをmystral-kkさんが和訳されて
GL Labs WikiとGeeklog.jp Wikiで公開されてます。

新しいテーマの作り方だと思います、参考にされてはいかがでしょう。

個人的には「手順その3 - ヘッダを変更する」の｛menu_elements｝の件が
すごく参考になりました。