GLTMatrixは、オープンソースCMSの初心者向けテーマ作成方法と無料素材配布をしています。

リンクのTOPページに「リンクの追加」項目があります。
構築状況によりここのリンクを消したい場合は

非公開領域に作成したフォルダ（GeeklogWikiでは「private」）の
pluginsフォルダ→linksフォルダ→templatesフォルダの
「links.thtml」を開き
<div class="aligncenter" style="padding-bottom:10px;">[ <a href="{site_url}/submit.php?type=links">{lang_addalink}</a> ]</div>
この部分を削除するかコメントアウトする。
修正後は以下のようになります。
<!--<div class="aligncenter" style="padding-bottom:10px;">[ <a href="{site_url}/submit.php?type=links">{lang_addalink}</a> ]</div>-->

またこの部分を使えなくすると「カテゴリー」と「リンク（上位１０位）」の間が
狭く（詰まる）のでcustom.cssにCSSを追加しで制御する。
（例　クラス名をaugelinkとします。）
links.htmlにスタイルを追加する。
{blockheader}
{category_navigation}
修正後
{blockheader}
<div class="augelink">
{category_navigation}
</div>
custom.cssにプロパティーを追加する。
/* Link修正 */
.augelink {
  margin: 0 0 2em 0;
  padding: 0;
}

リンク・プラグイン関係の修正記事は
リンクの「カテゴリ」の文字を変えたい。もご参考ください。